OpenMM-Python-Force: Deploying Accelerated Python Modules in Molecular Dynamics Simulation

Đã lưu trong:

Chi tiết về thư mục
Xuất bản năm:	arXiv.org (Dec 24, 2024), p. n/a
Tác giả chính:	Wang, Zhi
Tác giả khác:	Wen, Yan
Được phát hành:	Cornell University Library, arXiv.org
Những chủ đề:	Python Source code Modules Data exchange Molecular dynamics Tensors
Truy cập trực tuyến:	Citation/Abstract Full text outside of ProQuest
Các nhãn:	Thêm thẻ Không có thẻ, Là người đầu tiên thẻ bản ghi này!

Miêu tả
Bài tóm tắt:	We present OpenMM-Python-Force, a plugin designed to extend OpenMM's functionality by enabling integration of energy and force calculations from external Python programs via a callback mechanism. During molecular dynamics simulations, data exchange can be implemented through torch.Tensor or numpy.ndarray, depending on the specific use case. This enhancement significantly expands OpenMM's capabilities, facilitating seamless integration of accelerated Python modules within molecular dynamics simulations. This approach represents a general solution that can be adapted to other molecular dynamics engines beyond OpenMM. The source code is openly available at https://github.com/bytedance/OpenMM-Python-Force.
số ISSN:	2331-8422
Nguồn:	Engineering Database